清代屬游仙鄉，1931始建芝英鎮。
解放初，分為芝英、油川、西盧、堰頭、橫沿、前俞、溪岸等，1955年堰頭鄉劃入城區。
1958年公社化后，屬芝英公社所屬溪岸、黃店、油川3個管理區，1961年10月為芝英區的芝英、溪岸、油川、黃店4個公社，1984年改為芝英鎮、溪岸鄉、油川鄉、堰頭鄉，1992年4月溪岸鄉、油川鄉、堰頭鄉并入芝英鎮。
2001年7月由原芝英鎮合并清溪鎮的雅莊、八口塘、蓮塘等6個行政村成立芝英街道辦事處。
2003年行政區劃優化，將杜山頭、鄭頭、堰頭、橋里、下堰頭、上徐頭、沙端、下余、車馬河、陳園10個行政村劃歸經濟開發區托管；2009年撤銷芝英街道建制，設立芝英鎮，名稱沿用至今。