清代屬寧海縣南鄉楊家莊。
民國17年（1928）屬寧和鄉。
民國24年屬楊家鄉。
民國29年（1940）三門建縣前后均屬楊家鄉。
1949年解放初沿用舊制。
1950年5月屬壩頭鄉。
1954年成立芹溪初級社。
1956年與外洋馬村合辦芹溪高級社。
1957年外洋馬村析出。
1958年冬屬壩頭管理區芹溪生產隊。
1961年改建芹溪大隊，屬壩頭人民公社。
1984年全縣政社分設后，設芹溪村民委員會，屬壩頭鄉。
2001年行政區劃調整，撤銷壩頭鄉，改屬亭旁鎮。