慶元縣歷史悠久,《禹貢》為“揚州之域”，周為七閩地，春秋時為吳越東平鄉，秦、漢因之。
唐乾元二年（759）龍泉置縣，為龍泉縣松源鄉。
五代時王審知據閩，奪松源鄉之半建松源鎮，屬建州；錢镠將留下部分仍稱松源鄉，歸屬沿舊。
到南宋慶元三年（1197）年事，吏扣侍郎胡纮奏請以所居之松源鄉置縣，獲準，因以年號為縣名，乃慶元縣之始。
明洪武三年（1370）慶元縣省，置巡檢司，治查田；洪武十三年（1380）復置，仍屬處州。
清沿之。
1914年屬甌海道（溫州）。
1935年屬第九、第七行政督察區（麗水）。
1949年5月17日慶元和平解放，同年7月成立縣人民政府，屬麗水專區。
1952年改屬溫州專區。
1958年11月撤縣，并入龍泉；1973年7月國務院批準恢復縣制，1975年8月正式開始辦公，屬麗水地區。
自建縣迄今，凡791年。
1992年慶元縣進行鄉鎮撤擴并，將全縣7區4鎮34個鄉并為6個鎮，2010年，撤。