轄區民國期間為山面鄉。
1949年5月后，以夏林頭至澤基山嶺為界，南稱嶺外，北名嶺底，本鄉居北，因名嶺底鄉，屬清江區；1956年2月撤區并鄉，嶺外鄉并入，仍稱嶺底鄉，屬樂清縣；1956年8月，樂清縣行政區劃調整，屬虹橋區；1958年公社化時成立嶺底管理區，屬芙蓉公社；1961年管理區撤銷，成立嶺底公社，屬清江區；1983年12月政社分社，改稱嶺底鄉。
2011年鄉鎮行政區劃調整，將原有嶺底鄉合并設置芙蓉鎮。
2015年12月重新設立嶺底鄉。