水亭畬族鄉歷史悠久。
宋紹熙年間于婺州任職的水欽回閩,因聞閩地戰亂,遂擇此定居,為紀念故鄉亭溪,取名水亭。
清時屬太平鄉,民國時期屬蘭溪第五區。
1949年5月蘭溪解放,設水亭、河伯、圣山、柳塘4個鄉。
1956年分水亭、圣山兩個鄉。
1958年為游埠公社水亭、圣山、河伯、柳塘管理區。
1961年調整公社規模,分設水亭、圣山兩個公社。
1983年政社分設,稱水亭鄉和圣山畬族鄉。
1992年圣山畬族鄉和水亭鄉合并,稱水亭畬族鄉,是蘭溪市唯一的少數民族鄉,為浙江省18個少數民族鄉鎮之一。