建政時,為南宋鄉坑底村。
1956年合作化時,為南宋鄉燈塔高級社。
1958年公社化時,定名南宋管理區坑底大隊,屬于南宋管理區。
1961年隸屬南宋公社。
因重名,1981年12約改名為蕉坑底大隊。
1984年改稱蕉坑底村民委員會,屬于南宋鄉。
2002年行政村區劃調整由原來的大垟曹坑與蕉坑底兩個自然村撤并組成一個新的行政村,稱蕉坑底。
2011年6月鄉鎮區劃調整南宋鎮并入礬山鎮。
蕉坑底屬于礬山鎮。
2016年,增設南宋鎮,歸南宋鎮管轄,批準文號溫政函〔2016〕23號。