蒼南原為平陽縣之部分。
古為百越之地，春秋戰國時屬越國。
秦統一六國后，屬閩中郡。
此后，數易歸屬。
至西晉太康四年（283），析安固縣南橫嶼船屯置始陽縣。
平陽設縣始此，不久更名橫陽縣。
后又幾經撤并，至五代后梁乾化四（914），更名平陽。
以平陽為縣名始此。
原屬平陽縣。
1981年析平陽縣的礬山鎮和靈溪、宜山、錢庫、橋墩、金鄉、礬山、馬站７個區72個人民公社設蒼南縣，因地處玉蒼山之南而得名。
《讀史方輿紀要》卷九十四：“玉蒼山，在（平陽）縣西南八十里，亦名八面山，山周百余里，跨峙八鄉，稍北，巖岫四圍，只通一門。”據傳昔產玉，故名“玉倉”。
后諧音異寫作“玉蒼”。
此后，歷經多次鄉鎮撤并。
2019年，撤銷蒼南縣龍港鎮，設立縣級龍港市，形成今之政區范圍。