清初，為馬書伙目地，后為歸治里頭甲地。
民國二十八年（1939年），為四區(qū)轄地。
民國二十九年（1940年），廢區(qū)，擴大鄉(xiāng)鎮(zhèn)，區(qū)改鎮(zhèn)。
1950年，屬包谷垴區(qū)。
1953年，由包谷垴區(qū)劃出成立楊梅山區(qū)。
1962年，夏改楊梅山區(qū)。
1963年，楊梅山、河橋、水磨、黃草坪、白沙地、白龍磨、地得卡、樹補8小公社劃歸東川市（今會澤縣），改稱馬樹區(qū)。
1969年，改馬樹公社。
1984年，復稱馬樹區(qū)。
1988年，改為馬樹鄉(xiāng)。
劃出爐房、嚕布、荒田、雞嚕、魯?shù)碌?村加上新建的底里村另置爐房鄉(xiāng)。
2002年9月，成立馬樹鎮(zhèn)。