珠琳鎮境域，屬句町古國故地。
清道光五年（1825年），今珠琳鎮置莫雨龍營（治在今中寨村）。
民國二年（1913年），置小西區（治在珠琳街）。
民國二十一年（1932年），改稱六區。
民國二十九年（1940年），區改珠琳鄉。
1949年11月，稱珠琳區。
1951年1月，改稱六區公所。
1957年12月，稱珠琳區公所。
1958年11月，撤區建立友誼公社。
1961年5月，復為珠琳區公所。
1981年11月，改為公社管理委員會。
1984年1月，再為珠琳區公所。
1988年，改稱珠琳鎮。