昌寧縣境，西漢以前屬哀牢國。
西漢初屬益州郡刺史部哀牢國。
西漢元封二年（前109），東北部屬益州郡不韋縣，西南部屬哀牢國。
東漢永平十年（67）屬益州西部都尉，永平十二年（69）“哀牢歸漢”朝廷新設永昌郡，其地全境歸屬永昌郡。
三國時期分屬永昌郡永壽縣（今耿馬）、不韋縣（今保山）。
西晉元康九年（299）屬永壽縣。
南北朝時期分屬南寧州、濮部。
隋代分屬濮部、西爨（瀾滄江以東）地區。
唐初屬劍南道金齒部，（唐）南詔國時期屬永昌節度唐封川（今鳳慶）轄地。
（五代至宋）大理國時期先后屬永昌節度、永昌府。
元代分屬順寧府慶甸縣（今鳳慶）、鎮康路、永昌府。
明代分屬順寧府、永昌府；明宣德五年（1430）設廣邑州，正統元年（1436）遷治于右甸；萬歷十三年（1585）設右甸土守御所，萬歷二十六年（1598）設右甸通判署，萬歷三十年（1602）筑右甸城并設守右甸守御土千戶所，屬順寧府。
清代分屬順寧縣、保山縣，其中灣甸州直隸永昌府；清乾隆十一年（1746）右甸通判署移駐緬寧（今臨翔），改設右甸經歷廳，屬順寧縣。
民國時期，1912年設順寧縣右甸縣佐公署，屬迤西道（后更名為滇西道、騰越道）；1919年設順寧縣右甸分縣，先后屬騰越道、第一殖邊督辦；1933年10月1日從順寧、保山兩縣劃地析置設立昌寧縣，先后屬第一殖邊督辦公署、騰龍邊區行政監督公署、第六區行政督察專員公署、第十二區行政督察專員公署。
新中國成立后，1950年1月28日成立昌寧縣人民政府，隸屬保山專區；1956年保山專區裁撤并入德宏傣族景頗族自治州，隸屬德宏州；1963年保山專區恢復，隸屬保山專區；1971年6月保山專區更名為保山地區，隸屬保山地區；2000年12月30日保山地區撤銷設立保山地級市，隸屬保山市至今。