吐蕃時期屬約如管轄。
13世紀元朝薩迦政權時期，今扎囊縣雅礱藏布江以南為帕竹萬戶轄區，以北為蔡巴萬戶轄區。
1912年，西藏地方政府在扎囊縣境內設札囊、桑耶、札其3個宗溪，屬洛喀基巧。
1959年5月，撤宗設立札囊縣，隸屬山南專區。
1960年1月，經國務院批準，將札囊宗、桑耶宗、札其溪合并，設立札囊縣。
1974年2月，札囊縣更名為扎囊縣，隸屬山南地區。
2016年1月，撤銷山南地區，設立地級山南市，扎囊縣隸屬山南市。