“十二邦”時期，那曲屬象雄阿爾巴統治。
后被蘇毗雅松（孫波雅松）占據。
8世紀中葉，蘇毗與吐蕃統一，那曲劃入蘇毗茹轄區。
9世紀中葉，那曲屬羌日六部的霍爾巴達部落。
13世紀初蒙古軍隊進入藏北地區，蒙古汗霍爾金格占據那曲。
元代那曲東部及東北部一部分屬吐蕃等路宣慰使司都元帥府管轄；那曲東部地區以外大部地方屬烏斯藏納里速古魯孫等三路宣慰使司都元帥府分轄。
明代那曲東北部的原孫波茹地方歸朵甘思行都指揮使司管轄，西部地方歸俄里思都元帥府管轄。
明崇禎十年（1642，藏歷第十一饒迥水馬年），漠西厄魯特蒙古四部落之一的和碩特部固始汗在青海推翻蒙古卻圖汗統治后，率兵經那曲入藏，幫助五世達賴喇嘛建立了甘丹頗章政權，那曲屬蒙古和碩特部的固始汗管轄。
清康熙五十九年（1720，藏歷第十二饒迥鐵鼠年），清廷派兵進入西藏，在那曲擊潰準噶爾部叛軍。
清廷將今那曲大部分地方置于西藏地方政府直接管轄之下。
清雍正九年（1731，藏歷第十二饒迥鐵豬年），清廷派官員勘定藏青邊界，將黃河源以南的游牧部落七十九族地區中的三十九族部落劃歸駐藏大臣直轄。
乾隆十六年（1751，藏歷第十三饒迥鐵羊年），清廷在藏北設立坎囊宗，轄區大致為今色尼、安多兩縣區地域。
1942年（藏歷第十六饒迥水馬年），西藏地方政府在那曲卡設立絳曲基巧（藏北總管），統轄那曲及三十九族地區。
1951年5月23日，《中央人民政府和西藏地方政府關于和平解放西藏辦法的協議》簽訂，西藏和平解放。
1956年11月，成立黑河宗辦事處，隸屬黑河基巧（絳曲基巧）辦事處。
1957年，撤銷黑河宗辦事處。
1959年10月，撤銷黑河宗，設立黑河縣，隸屬黑河專區管轄。
1960年1月，國務院正式批準撤銷黑河宗，設置黑河縣，同時黑河專區改名為那曲專區，黑河縣隸屬那曲專區。
1965年11月，黑河縣更名為那曲縣。
2017年7月，撤銷那曲地區，設立地級那曲市。