林芝歷史古老,可以追溯到西藏的史前時期。
據藏文史籍《弟吳宗教源流》記載,雅礱悉補野的先祖聶赤贊布(即第一個藏王)從波域(今林芝市波密縣境)經工布來到雅礱河谷(今山南市乃東區)成為雅礱悉補野的創始人。
聶赤贊布出生于漢元朔二年(前127),他的王位傳至第7代國王止貢贊布時,悉補野內部發生變亂,止貢贊布被洛昂殺害,三個王子夏赤、涅赤、恰赤分別逃亡到工布、波窩、娘布避難。
不久以后涅赤返回雅隆,繼位為雅礱悉補野第8代贊普,稱“布德貢杰”。
而夏赤、恰赤則在工布和娘布各自安邦稱王,分別成為工布王(又稱工噶布王)和娘布王。
今工布江達縣境屬于娘布王統轄區。
今巴宜、米林、朗縣一帶屬工布王轄區。
至6世紀末,林芝境內出現多個大小不等的小邦,統治各自的領地。
小邦的分布情況如:工域赤那,王名貢杰噶布。
統治中心在雅魯藏布江和尼洋河交匯處,統治區域為今巴宜、米林一帶。
娘域那松,王名娘尊朗杰。
為止貢贊普后裔,與雅礱悉補野同脈,安邦于娘地方,即今工布江達縣娘蒲鄉一帶,統治地區在工布江達縣境內。
欽域那布古蘇,王名欽杰尼古。
其中心在今朗縣金東鄉,統治今朗縣和山南地區加查一帶。
色域薩莫竹喜,王名俄杰茨吾魯暢。
統治地區在今林芝縣境內。
波窩,王名波杰布,后來稱“波噶南木杰布”,“波杰布”為悉補野止貢贊普后裔,統治今波密、墨脫一帶。
7世紀中葉,松贊干布先后征服了工域赤那(今林芝市巴宜、米林)、娘域那松(今林芝市工布江達)。
將其劃入“約茹”轄區。
由于工布地區的工噶布王、娘布王等均屬吐蕃贊普的后裔,他們的轄區都具有相對獨立的特性,即各自為政,劃地稱王。
8世紀,應工噶布王的請求,吐蕃贊普赤松德贊和赤德松贊分別兩次與工噶布王立誓結盟,把盟文勒石刻文。
明確允諾和確認工噶布王世代享有治理工布地區的特權。
唐咸通十年(869年,藏歷土牛年)以后,吐蕃各地連續發生奴隸平民起義,欽域那布古蘇(今林芝市朗縣一帶)的吉次、次旦等六人,在欽域上部發動了著名的“火把起義”。
占領欽域后直導工域赤那(今巴宜區林芝鎮),殺死工噶布王。
但起義軍并沒有建起自己的政權,沒有統一的政區建置,形成了諸多地方勢力。
11世紀,工噶布王的后裔阿杰在工布恰納(今米林縣羌納鄉)一帶崛起,重新成為工布地區的統治者:而波窩地區則由土王噶南木第巴統治。
13世紀中葉,林芝在地域上隸屬于“烏思藏納里速古魯孫等三路宣慰使司都元帥府”,但是境內的波窩(波密)、門域(墨脫)、察隅等地由于所處地理位置偏僻,社會發展極其緩慢,仍處于部落社會形態。
自14世紀起,噶瑪噶舉派的首領噶瑪巴長期駐錫工布則拉崗,逐漸成為工布地區最具勢力的政教統治者。
帕木竹巴政權時期,曾大力推行宗谿制,但在塔工地區沒有建立宗谿一級地方行政機構。
明洪武七年(1374年,藏歷第六饒迥木虎年),明朝把元代的吐蕃等處宣慰使司和吐蕃等路宣慰使司合并為朵甘衛,烏思藏納里速古魯孫等三路宣慰司則改為烏思藏衛和俄里思軍民元帥府。
林芝大部在地域上隸屬烏思藏都指揮使。
明崇禎十五年(1642年,藏歷第十一饒迥水馬年),固始汗幫助五世達賴喇嘛建立噶丹頗章政權,塔工地區的噶瑪噶舉派不承認噶丹頗章政權的統治,并組織軍隊實施對抗。
噶丹頗章政權沒有完全將其設于統治之下。
清康熙元年(1662年,藏歷第十一饒迥水虎年),工布盤德寺活佛發動暴亂,噶丹頗章攝政赤列嘉措派兵鎮壓,次年新建則拉崗宗,由噶丹頗章委派宗本進行管理。
清康熙十二年(1673年,藏歷第十一饒迥水牛年),清廷平西王吳三桂將紅帽教主噶瑪巴交于五世達賴,五世達賴以禮相待,妥善解決了塔工噶瑪噶舉派與噶丹頗章政權的對抗。
至18世紀末,在今林芝市設立波窩(今波密縣)、江達(今工布江達縣)、碩卡(今工布江達縣巴河鎮)、沃隆(今米林縣臥龍鄉)、角木(今巴宜區八一鎮)、桑昂曲宗(今察隅縣)、工布則拉崗(轄境大部分在米林縣境內)、朗(今朗縣)、金東(今朗縣金東鄉)等多個宗谿。
其中江達宗、碩卡宗、角木宗、則拉崗宗被稱之為“工布4宗”。
“工布4宗”中則拉崗宗是大宗,被賦予代管其他3個宗的職權,后升格為“基巧”,但仍稱為宗,其權限僅限于向其他3宗傳達西藏地方政府指示,催收差稅而已。
波窩,即波密地區,除曲宗外一直由當地土王波窩噶南木第巴統治,其統轄區就在上下波密、墨脫一帶。
波密境內的轄區分布在6條小河流域,故稱“波曲龍楚”(意為波密6水之地)。
墨脫境內的轄區有5錯(“錯”為村級建制)分別是當普、或熱(今墨脫縣德興鄉霍熱村)、背崩(今墨脫縣背崩鄉背崩村)、薩格爾、達昂(今墨脫縣加熱薩鄉境內)。
“2地”指的羅查、堅珠玉措。
堅珠玉措今譯“金珠”,所在地為今墨脫縣格當鄉金珠河流域。
以上地區基本上囊括了今墨脫縣所轄的主要區域。
民國政府時期,設川邊特別行政區,在金沙江以西新設13個縣,其中包括林芝境內的波密、桑昂曲宗(今察隅縣境內)、察隅、江達(今工布江達縣)4個縣。
1912年(藏歷第十五饒迥水鼠年),民國政府在江達(今工布江達縣太昭)設太昭府。
1928年(藏歷第十六饒迥土龍年),民國政府將林芝的科麥(桑昂曲)、察隅(雜瑜)、太昭(工布江達)劃歸西康政務委員會。
1931年(藏歷第十六饒迥鐵羊年),西藏地方政府平息波密之亂后,將曲宗、波堆、波麥劃給朵麥基巧管轄,并在工布地區設立工基。
下轄塔堆群廓杰寺、朗谿卡、金東宗、古納木宗、則拉崗宗、嘎熱寺、第穆羌納寺、森浦谿卡、角木宗、雪卡谿卡、江達宗、拉里、杰廓谿卡。
1939年(藏歷第十六饒迥土兔年),中華民國設西康省,將林芝劃歸西康省管轄。
1944年(藏歷第十六饒迥木猴年)、1946年(藏歷第十六饒迥火狗年)英國軍隊兩次侵入察隅、珞瑜等地。
當地人民進行了英勇的抵抗。
到1950年,工基下轄朗谿卡、金東宗、古納木宗、則拉崗宗、森浦谿卡、角木宗、雪卡谿卡、江達宗、拉里、杰廓谿卡10個宗谿。
1951年1月,經政務院批準,原西康所轄的昌都、武城、察雅、鹽井、察隅(今林芝市察隅縣)、碩督、太昭(今林芝市工布江達縣)、恩達、尋集、貢縣、寧靜、科麥、嘉黎13個縣由昌都地區人民解放委員會管轄。
1951年5月,西藏和平解放;11月,昌都地區解放委員會在波密(今林芝市波密縣)成立第二辦事處,轄傾多、曲宗、易貢3個宗。
1954年,西藏地方政府設立設塔工基巧,基巧公署設在則拉崗(今巴宜區布久鄉),管轄加查(今山南市加查縣)、朗宗、林芝、米林、工布江達、雪卡宗、覺木宗、澤拉崗宗、白瑪桂谿等10個宗谿。
1959年,實行民主改革,撤銷塔工基巧辦事處。
1960年1月,經國務院批準成立塔工專區;同年2月,改設林芝專區,專署駐林芝縣。
1964年7月,經國務院批準,撤銷林芝專區。
將其所轄的林芝、米林、工布江達、墨脫、雪巴5個縣劃歸拉薩市管轄;將嘉黎縣劃歸那曲專區管轄;將波密縣劃歸昌都專區管轄。
1964年10月,經國務院批準,撤銷雪巴縣,原轄的雪卡、朱拉、錯高3個區劃入工布江達縣,百巴區劃入林芝縣,尼吾區劃入嘉黎縣。
1983年10月,經國務院批準,恢復林芝地區。
1986年2月,林芝地區行署正式恢復。
原劃入拉薩市的林芝、米林、工布江達、墨脫縣,劃入昌都地區的波密縣,原屬昌都地區的察隅縣、原屬山南地區的朗縣劃入林芝地區。
2015年3月,經國務院批準,撤銷林芝地區,設立地級林芝市。