清康熙二十五年（1686年），西藏地方政府設立噶本機構，昆莎部分區域屬阿里噶本直屬區，部分區域屬那如本和左左本管轄，當時昆莎是阿里噶本冬季駐地。
1951年，阿里和平解放以后，昆莎曾作為中共阿里分工委和阿里騎兵支隊駐地，至1966年一直是阿里政治、軍事中心。
1960年，成立昆莎鄉。
1961年，在索麥村二組建立昆莎區公所。
1984年—1985年，昆莎區公所（今昆莎鄉人民政府駐地）從索麥二組搬遷到郭拉則松山腳下，距阿里地區駐地獅泉河鎮58千米。