吐蕃時期，昌都地區是東女國和蘇毗部所在地。
元至元十七年（1280年，藏歷第五饒迥鐵龍年），元朝在今昌都市貢覺縣設“朵甘思宣慰司”，在今昌都市芒康縣設“亦思麻爾甘軍民萬戶府”。
轄西藏昌都市、那曲市東部以及青海、四川、云南藏區地方。
明洪武七年（1374年，藏歷第六饒迥木虎年），明朝政府將“朵甘衛”升為“朵甘衛指揮使司”，其轄區為今昌都市和那曲市的索縣、巴青、比如、嘉黎，以及青海省玉樹州，四川省甘孜州、阿壩州、云南省迪慶州等藏區。
是年，又增設“朵甘思宣慰司及招討司”。
明永樂十三年（1415年，藏歷第七饒迥木羊年），明朝在丁青、邊壩等地增設了“上邛部衛，命頭目掌巴伯為指揮使”。
清順治四年（1647年，藏歷第十一饒迥火豬年），理藩院將原由蒙古王東宮武藏統治的三十九族范圍收歸直接管理。
清雍正四年（1726年，藏歷第十二饒迥火馬年），清中央政府組織四川、云南、西藏三方進行地界勘定。
將現貢覺、左貢、芒康、卡若、洛隆、科麥（均在今昌都市）、察隅（在今林芝市）等地劃歸西藏，將中甸、阿墩子（德欽）、維西等地劃歸云南，將巴塘、理塘、康定、德格等地劃歸四川。
清雍正九年（1731年，藏歷第十二饒迥鐵豬年），清中央政府對黃河源以南的七十九部族進行了劃分，將其中的三十九部族劃歸西藏。
其中一部分在今昌都市丁青縣。
清乾隆十六年（1751年，藏歷第十三饒㢠鐵羊年），清中央政府將三十九部族和達木蒙古八旗，以及今昌都市的芒康、貢覺、邊壩、洛隆等地劃歸駐藏大臣直接管轄。
清宣統元年（1909年，藏歷第十五饒迥土雞年），趙爾豐將察木多、乍丫、江卡劃歸巴安府管轄。
是年6月，德格吐司多吉僧格在趙爾豐的壓力下，“情愿將德格全境人民、土地納還朝廷”，于是對德格吐司的轄區進行“改流”。
1912年（藏歷第十五饒迥水鼠年）6月，袁世凱電令四川都督伊昌衡、云南都督蔡鍔帥兵從川、滇入藏平亂。
9月，川軍先后攻克貢覺、武城、同普、乍丫、寧靜等地。
隨后以康定為首府，劃西康為兩道，設五區，其中昌都為第五區。
1918年（藏歷第十五饒迥土馬年），藏軍攻占昌都，隨后西藏地方政府在昌都設立“朵麥基巧”。
1939年1月（藏歷第十六饒迥土兔年），民國中央政府在今四川省康定設立西康省，將昌都、武城、察雅、鹽井、察隅、碩督、太昭、恩達、九集、貢縣、寧靜、科麥、嘉黎、同普等地方劃入西康省。
1943年（藏歷第十六饒迥水羊年），西藏地方政府在藏北及昌都市西北部的丁青、洛隆、邊壩等地推行宗谿制度。
1950年10月，中國人民解放軍進駐昌都。
1951年1月，昌都地區召開第一屆各族各界人民代表會議，昌都地區人民解放委員會宣告成立。
1956年9月，昌都地區人民解放委員會代行西藏自治區籌備委員會昌都基巧辦事處職權。
1959年4月，國務院命令撤銷“昌都地區解放委員會”及其所屬“各宗解委會”；解散各宗宗政府。
4月以后，各宗相繼成立縣人民政府。
1960年1月，經國務院批準，設立昌都專員公署。
1965年9月，西藏自治區成立后，昌都專員公署受其領導；1969年4月，昌都地區革命委員會設立。
1970年11月，經國務院批準，昌都專區更名為昌都地區。
1978年11月，撤銷昌都地區“革委會”，設立昌都地區行政公署。
2014年10月，《國務院關于同意西藏自治區撤銷昌都地區設立昌都市的批復》（國函〔2014〕143號），同意撤銷昌都地區設立昌都市。