漢代為莎車國地。
《漢書·西域傳》:“莎車國，王治莎車城。”神爵三年(59)隸西域都護府。
三國、北魏時稱渠莎，屬疏勒。
隋、唐以后并人于闐。
宋屬喀喇汗王朝。
南宋屬西遼。
元代為察合臺后王封地。
明代曾為東察合臺汗國及葉爾羌汗國王城。
清乾隆二十六年(1761)設葉爾羌辦事大臣。
光緒九年(1883)置莎車直隸州，州治莎車，領轄葉城縣。
光緒二十八年(1902)直隸州升為莎車府，隸喀什噶爾道。
莎車本府即今莎車縣前身。
1913年莎車本府改為莎車縣，仍隸喀什噶爾道。
1929年莎車縣分成莎車、葉爾羌兩縣。
1942年析喀什行政區置莎車行政區。
1943年兩縣復并為莎車縣，同年改為莎車督察專區。
1949年后為莎車專署駐地。
1956年莎車專區撒消、歸喀什專區。
1970年后屬喀什地區。