回城鄉是明清歷代哈密王的居住地，明朝永東年間（1403-1424）此地為哈密蒙古王的王宮。
1706年，哈密一世回王額貝都拉修建了當時的回城。
自清代至1928年，回城鄉是哈密王府的所在地。
1930年被撤消王制。
1942年正式在回城設行政區，兩年后改為鄉政府。
1944年后，國民黨推行保甲制，回城始設鄉公所。
1954年成立回城區。
1958年改設為回城公社。
1962年將回城公社一分為三，組建回城、花園、南湖三個公社。
1977年大營門大隊（含五個生產隊）劃歸伊州區城郊公社管轄。
于1980年和花園鄉分開，改為回城鄉人民政府。