薊縣歷史悠久，傳說夏禹（約公元前21世紀至公元前16世紀治洪水，定九州。
薊縣地屬冀州。
西周（約公元前11世紀至公元前7世紀）實行分封制，屬燕國。
春秋時期（公元前7至6世紀）建無終子國（因境內無終山得名），從此薊縣地稱無終。
秦（前221-前207年）實行郡縣制，改無終國為無終縣，屬右北平郡。
西漢至三國魏均襲之。
西晉、東晉十六國年間，屬北平郡；北魏（535-557）置漁陽郡，郡治由漁陽（舊漁陽郡治，位漁水之北，在今密云西南）移至無終縣。
隋（605）改無終縣為漁陽縣，從此無終之名為漁陽所代替。
高開道于公元616年奪取北平（今河北省盧龍縣）、漁陽，稱燕王，都漁陽。
唐開元十八年（730），廢漁陽郡置薊州（州治在漁陽縣）。
公元907至913年，劉守光據薊州燕國。
五代后晉石敬瑭割燕云十六州賄遼，薊州為一。
1121年金侵遼，獲薊州以歸宋。
宋宣和四年（1122），薊州更名廣川郡，漁陽縣更名平盧縣；七年（1125），金滅遼后，復取其地，仍名漁陽縣，屬中都路薊州。
元屬大都路。
明洪武初年改漁陽縣為薊州，屬順天府。
清乾隆八年（1743），薊成散州。
1913年改薊州為薊縣，屬京兆特區。
1914年至抗戰前（1914-1938）屬河北省。
抗日戰爭時期（1938-1946）先后設薊平密、薊寶三、玉薊寶、薊遵興、平三薊、玉薊、玉寶聯合縣和薊南縣，分屬冀東辦事處、十三地區專屬、冀熱邊區行署、冀熱遼區行署、冀東區行署第一、五、十四、十五、十八專署。
1946年4月27日撤銷聯合縣，恢復單一縣制為薊縣，屬十五專署。
東部孤樹等19個村劃給玉田縣；西部段甲嶺等10個村劃給三河縣；西北靠山集等16個村劃給平谷縣。
1947年5月，三區（邦均）以北和九區（官莊）全部劃給平谷縣，10月劃回，又將州河以東村莊全部劃給玉田縣。
1949年9月劃回。
新中國成立后，薊縣屬通縣地區。
1950年秋將所轄于椿莊鄉新安鎮等12個村，迷王會鄉南小莊等5個村劃給玉田縣。
1958年薊縣歸屬河北省唐山地區。
同年11月，三河縣城關、段甲嶺、燕郊、皇莊、高樓5個公社和大廠縣公社并入薊縣。
1960年3月所轄上倉、下倉、溵溜3個公社380個村莊，劃屬河北省玉田縣，薊縣劃屬河北省天津市。
1961年6月劃屬河北省天津地區。
1962年6至7月恢復原建制，上倉、下倉、溵溜3個公社所屬村莊復歸薊縣。
1973年8月劃歸天津市。
2016年6月，《國務院關于同意天津市調整部分行政區劃的批復》（國函〔2016〕98號）：同意撤銷薊縣，設立天津市薊州區，以原薊縣的行政區域為薊州區的行政區域，薊州區人民政府駐文昌街街道府前街2號。