清光緒二十一年（1895），袁世凱在小站練兵期間，將小站改名為新農鎮，辛亥革命后復名小站。
1948年12月解放，為小站鎮駐地。
1949年1月天津解放，屬天津縣第六區。
1953年設小站鎮，屬天津市津南郊區。
1958年9月劃入天津市河西區，為小站人民公社。
1959年3月屬天津市河西區，為小站人民公社小站管理區。
1961年12月屬天津市南郊區。
1964年小站公社析置小站鎮。
1966年小站人民公社改為紅旗人民公社；小站鎮改名工農鎮。
1968年3月成立小站鎮革命委員會。
1983年撤銷公社建制改為小站鄉。
1985年6月30日鄉鎮合并為小站鎮。
1992年3月6日屬天津市津南區。