清朝，屬西關鄉伏江上二里。
民國初年，名清溪場，屬西關鄉。
民國十年（1921年），設清溪鄉，屬第二區。
民國十八年（1929年），屬第三區。
民國二十九年（1940年），石龍、同興2鄉并入。
民國三十年（1941年），石龍、同興2鄉析出。
民國三十一年（1942年），屬第六指導區。
民國三十四年（1945年），屬第四指導區。
民國三十六年（1947年），與石龍鄉合并為清石鄉。
1950年，石龍鄉析出，屬第五區。
1952年，南充縣浸水鄉第八、九、十村劃入。
1955年，改名清溪鄉，屬興隆區。
1959年，撤鄉。
1963年，設清溪鄉。
1966年10月，改為國強公社。
1971年，更名清溪公社，屬興隆區。
1981年，更名秦溪公社。
1984年3月，公社改鄉，屬興隆區。
1992年9月，撤興隆區，與鋪芽、團結2鄉合并為秦溪鎮。
1994年6月，團結鄉析出。
2019年12月，撤銷團結鄉，將其所屬行政區域劃歸秦溪鎮管轄。