民國時期，為南充縣扶君鄉第7保。
1950年，為扶君鄉第7村。
1958年，為多扶人民公社第14大隊。
1961年，為扶君人民公社第7大隊。
1966年，立新人民公社第7大隊。
1972年，為扶君公社第7大隊。
1981年，地名普查時為泥巴寺大隊。
1984年，人民公社改制為鄉時將該大隊更名為泥巴寺村。
2019年，撤銷扶君鄉和金山鄉，將其所屬行政區域劃歸多扶鎮管轄（南府函〔2019〕76號）。
2020年4月，泥巴寺村、雷家溝村、黃家溝村合并設立泥巴寺村（西府發〔2020〕7號）。