解放前屬綏靖鄉第10保。
1950年改名第10村。
1952年劃歸靖華鄉(后改靖遠鄉)。
1953年屬靖和鄉。
1958年建立花祠大隊,屬龍會鄉人民公社靖和管區。
1961年屬靖和鄉人民公社。
1968年屬靖和公社。
1978年屬華場公社靖和片。
1980年又屬靖和公社。
1984年更名花祠村,屬靖和鄉。
1991年花埝村并入,名稱仍舊。
1992年改隸靖和鎮。
2019年行政區劃調整改革,靖和鎮并入東聯鎮,歸屬東聯鎮管轄,2020年村級建制調整花祠村與三望村合并東聯鎮花祠村,并沿用至今。