1949年為興隆鄉第8保；1950年為興隆鄉農協會第8分會；1951年土改建政，成立興隆鄉人民政府，為興隆鄉第8村；1954年名翻身村；1958年成立人民公社，為興隆人民公社第11耕作區；1959年因避重名，興隆人民公社更名為兩路口人民公社，為兩路口人民公社第11耕作區；1961年體制下放時，為兩路口公社第11生產大隊；1980年地名普查時，命名為馬祖大隊；1983年改公社為鄉，大隊為村；命名為馬祖村。
1988年11月兩路口撤鄉建鎮，屬兩路口鎮；2005年8月兩路口鎮更名為馬祖鎮，屬馬祖鎮至今。