阿科里鄉境域舊屬綽斯甲宣撫司，大金卡蘇等地屬大金川安撫司。
民國二十四年（1935年），綽斯甲土司改綽斯甲縣，阿科里屬之。
民國二十五年（1936年）7月，紅軍北上后，廢縣，恢復土司制。
1960年1月，設阿科里鄉；同年3月，建國營牧場，駐大草塘。
1964年，二嘎里文布溝建國營二牧場，阿科里國營牧場更名國營一牧場。
1966年，撤阿科里鄉，6牧業大隊劃歸國營一牧場。
1984年，改阿科里鄉。
1985年7月，撤國營一牧場。
2002年3月，分為阿科里、毛日2鄉。
2020年6月，將阿科里鄉卡蘇村所屬行政區域劃歸獨松鄉管轄。