清宣統二年（1910）元壩鎮轄；1935年5月后分屬漓江（岳漓）、東石、龍王三鄉；1951年為躍進大隊，屬土鯉鄉；1958年政社合一，更名為躍進大隊，屬土鯉人民公社；1981年地名普查重名改為琴溪大隊；1984年政社分設，更名為琴溪村，屬土鯉鄉；1992年撤鄉并鎮，土鯉鄉、漓江鄉合并建立漓江鎮，屬漓江鎮；1994年恢復鄉鎮建制復置土鯉鄉，屬土鯉鄉；2005年鄉鎮建制調整，土鯉鄉并入漓江鎮，屬漓江鎮。
2020年鄉鎮村級建制調整同意琴溪村和寺基坪村合并，村名稱；琴溪村村民委員會。