1951年，屬巴中縣尹家鄉管轄。
1958年，設立水磨壩管理區，又稱第四管區。
1962年，更名為水磨壩生產大隊，簡稱水磨壩大隊，又稱四大隊。
1969年，更名為水磨壩大隊革命委員會。
1981年，復名水磨壩生產大隊。
1984年，全國實行政社分設，撤銷水磨壩生產大隊，設立水磨壩村村民委員會，簡稱水磨壩村村委會。
1993年，屬巴中市（縣級）尹家鄉管轄。
2000年，屬巴中市巴州區尹家鄉管轄。
2013年，屬巴中市恩陽區尹家鄉管轄。
2017年2月，撤鄉設鎮，屬尹家鎮管轄，沿用至今。