1951年，屬巴中縣石城鄉(xiāng)管轄。
1958年，設(shè)立方山管理區(qū)，又稱第三管區(qū)。
1962年，更名為方山生產(chǎn)大隊，簡稱方山大隊，又稱三大隊。
1969年，更名為方山大隊革命委員會。
1981年，復(fù)名方山生產(chǎn)大隊。
1984年，全國實行政社分設(shè)，撤銷方山生產(chǎn)大隊，設(shè)立方山村村民委員會，簡稱方山村村委會。
1993年，屬巴中市（縣級）石城鄉(xiāng)管轄。
2000年，屬巴中市巴州區(qū)石城鄉(xiāng)管轄。
2013年，屬巴中市恩陽區(qū)石城鄉(xiāng)管轄，2019年，撤銷方山村所屬行政區(qū)域劃歸登科街道管轄，沿用至今。