清道光二十三年（1843）、民國二十一年（1932）《陽曲縣志》均載名東南窊村。
1949-1950年歸屬陽曲縣第九區，1951年-1953年歸屬陽曲縣第三區大盂鄉，1954年-1957年歸屬陽曲縣大盂鄉，1958年8月，中共中央作出《關于在農村建立人民公社問題的決議》，我國全面開展人民公社化運動，實行政社合一、撤鄉建社，農業生產合作社改稱生產大隊，更名為東南窊大隊，1958年-1982年歸屬為陽曲縣大盂公社。
1983年10月，中共中央、國務院聯合發出《關于實行政社分開建立鄉政府的通知》，要求實行政社分開，恢復鄉，建立鄉人民政府，把人民公社管理委會改為鄉（鎮）建制，生產大隊改為村民委員會（簡稱村委），更名東南窊村民委員會，1984年-1986年歸屬為大盂鎮，一直沿用至今。