明清時期屬西區九局。
民國時期屬4區。
1927年全縣分4區，馬澗屬于四區的一個主村。
1944年全縣行政區劃為6個行政區、24個治村，村下仍設閭，閭內設鄰，馬澗成為治村屬六區。
1952年，增設第七區（張馬），含馬澗行政村。
1953年5月劃鄉，改行政村為鄉建制，全縣6個區改為7個區，轄71個行政村，劃為65個鄉，成為馬澗鄉。
1955年撤區，馬澗鄉直屬縣，全縣劃為62個鄉。
1958年11月，鄉寧縣與吉縣合并，稱鄉吉縣。
1959年1月，增設寬井人民公社，轄馬澗鄉，3月，馬澗鄉改成馬澗管理區。
1961年4月，鄉寧、吉縣分置，全縣共有16個人民公社，成為譚坪人民公社馬澗生產大隊。
1984年7月，實行政社分開，建立鄉（鎮），成為譚坪鄉馬澗村民委員會。
2001年3月，撤并鄉鎮，譚坪鄉、棗嶺鄉合并稱棗嶺鄉，成為棗嶺鄉馬澗村民委員會并沿用至今。
2019年12月灣里行政村并入馬澗行政村，并沿用至今。