清順治年間為南董，屬太平縣管轄。
民國3年（1914年），國民政府改太平縣為汾城縣，屬汾城縣管轄。
1954年9月，兩縣合并，歸襄汾縣管轄。
1958年10月人民公社化，撤銷鄉建制，實行政社合一。
隸屬紅旗公社。
1959年1月，襄汾縣撤銷，屬侯馬市管轄。
1961年7月恢復襄汾縣建制，隸屬襄汾縣管轄。
幾經變更，到1979年底為南董大隊，歸永固公社管轄。
1984年2月改行鄉鎮制，改稱為南董村民委員會，隸屬永固鄉管轄。
2019年12月仁佑村并入南董村，隸屬永固鄉管轄至今。