明沿用元舊制，境域屬南封都等。
清乾隆年間，全縣130個村鎮分東南西北4路，現轄區大部屬南路。
民國初年，全縣劃分為3個自治區，屬三區。
1919年閻錫山政權實行“村本政治”，設立區建置，屬四區。
抗日戰爭時期，為中國共產黨領導的祁縣抗日民主政府四區。
1946年來遠解放，1948年全縣解放，全縣劃為八個區，來遠是第一區政府所在地。
1953年撤銷區建制，全縣只保留一區，一區駐來遠設8個鄉。
1956年設來遠鄉。
1958祁縣、太谷縣合并，為來遠（克魯）公社。
1961年改為來遠公社，1984年改為來遠鎮。