明清時期實行都里制，屬五龍鄉保安都，下轄二里有四村：南莊、柳林、郭堡、寺莊。
民國，在明清四鄉（太平、五龍、雄山、八諫）基礎上實行編村制，也稱區村鎮制，屬縣二區（駐地蘇店）南莊編村、為主村，東申家莊為附村，也稱聯合村。
1949年，沿用區、村、鎮制。
1953年，撤區設鄉，實行鄉村制，屬縣二區（駐地蘇店）南董鄉，下轄南董、南莊兩村。
至1956年，農村進行社會主義改造，組成五一高級合作社，簡稱“五一社”。
1958年，開始人民公社化，屬蘇店衛星人民公社蘇店管理區。
1961年，衛星人民公社縮劃，實行社隊制，屬蘇店公社，置南莊生產大隊，下轄10個生產小隊。
1984年，改公社為鄉（鎮）政府，屬蘇店鎮，南莊大隊隨改為南莊村民委員會，下轄4個村民小組。
2000年撤鄉并鎮，仍屬蘇店鎮。
截止2016年底，村政區劃沿革未變。