明清時代，實行“保甲”制，秦家寨屬靜樂都六甲，但人們口頭相傳說是靜樂都七甲。
1940年，共產黨領導的新政權建立，秦家寨屬新畦村公所管轄，后又改為石塘村公所，村公所改名為鄉政府后，屬石塘鄉政府。
1958年人民公社化后，屬林遮峪公社，同年林遮峪公社并入興縣。
1959年，回復保德縣，秦家寨又隨公社回歸保德。
1961年，新增化樹塔等公社，秦家寨改隸屬化樹塔公社，為秦家寨生產大隊。
1984年，撤社改鄉，仍屬化樹塔鄉，改設秦家寨村民委員會。
2001年撤鄉并鎮，隨化樹塔鄉并入孫家溝鄉。