耀州自有人類活動距今已有五、六千年歷史，《資治通鑒綱目》有母系氏族領袖“陰康氏治于華原”的記載。
夏商時，各地氏族部落先后結成方國，據《陜西通志·夏商國邑考》記載，時雍州有國邑43個，位于漆沮之間的華原即屬其一。
三代以前為雍州之城，秦屬內史地。
西漢景帝二年（前115年）于今河東堡西側始置祋祤縣，三國魏黃初元年（220年）徒甘肅之泥陽僑置于祋祤，改祋祤為泥陽縣，隸北地郡并兼為北地郡治。
隋開皇六年（586年）泥陽縣更名華原縣并移治今城區。
唐垂拱二年（686年）為避武則天祖諱，華原縣改稱永安縣，神龍元年（705年）復名華原縣。
唐天祐三年（907年）李茂貞改華原縣置耀州。
元屬奉元路。
明、清屬西安府。
1913年廢州，設立耀縣，屬關中道。
1949年10月屬三原分社，轄廟灣、柳林、瑤曲、龍首、安王、小丘、袁文、孝義、照金、城關、石人、寺溝12個區，74個鄉。
1950年5月屬咸陽專區，撤銷龍首、廟灣、安王3區，轄9個區，63個鄉。
1953年1月屬渭南專區，撤銷石人區，轄8個區，53個鄉。
1956年2月撤區并鄉，轄城關鎮和柳林、瑤曲、小丘、照金4個區及王益、寺溝、稠桑、郭家、孫塬等6個直屬鄉。
1956年10月屬省。
1958年9月撤銷區鄉建制，成立紅旗、五星、樓村、小丘、照金、柳林、瑤曲、王益8個公社；同年12月撤銷耀縣并入銅川市，下設耀城、小丘、柳林3個公社，有20個管理區。
1961年8月復設耀縣，仍屬渭南專區，下設城關、孫塬、寺溝、稠桑、下高埝、柳林、瑤曲、安里、小丘、阿子、照金、白瓜、樓村13個公社。
1964年6月城關公社改設為鎮。
1965年6月劃入原銅川市演池、石柱、王家砭3個公社，共轄1個鎮、15個公社。
1969年屬渭南地區。
1980年1月屬銅川市。
1983年5月撤銷公社，轄1個鎮15個鄉。
1984年9月撤銷照金、瑤曲、王家砭3鄉，分別設立照金鎮、瑤曲鎮、董家河鎮。
1985年1月柳林鄉一部分劃出，設立廟灣鎮，轄5鎮12鄉；1995年6月撤銷柳林鄉，設立柳林鎮。
1997年10月撤銷稠桑、小丘2鄉，分別設立關莊鎮、小丘鎮。
1998年10月撤銷樓村鄉，設立坡頭鎮。
2001年12月撤銷阿子鄉并入關莊鎮。
2002年6月撤銷耀縣建制，設立耀州區，銅川市人民政府遷駐耀州區。
同年11月撤銷白瓜、安里2鄉，分別并入小丘鎮和柳林鎮。
2004年10月撤銷下高埝鄉，分設正陽路、咸豐路2街道。
2005年7月撤銷城關鎮，分設永安路、天寶路2街道。
2011年7月撤銷寺溝鎮，分設錦陽路街道。
2011年7月撤銷柳林鎮建制，分別并入照金、廟灣、石柱、關莊等鄉鎮；2012年7月17日，石柱改鄉建制為鎮；2014年撤坡頭鎮設坡頭街道辦事處。
2015年鎮村綜合改革時析演池鄉入石柱鎮，共轄6個街道、7個鎮，沿用至今。