商為契之封地，周屬商國，因境內有山形似“商”字而得名。
鄭樵《通志》載：“商本山名，在州東南，周秦商於地。
故漢以縣，后周以名州。”《太平寰宇記》“取古商於之地為名。”夏商時為梁州之城。
周為古鄀國地。
秦孝公二十年(前342年)置商郡。
秦置商縣，屬內史郡。
西漢置上洛縣，因位于洛河上游而得名，屬弘農郡。
東漢屬京兆尹，三國屬京兆郡，西晉屬司州。
南北朝時期，仍以上洛名。
北周宣政元年（578年）置商州，“商州”正式成為政區名稱。
隋大業三年（607年）撤商州復設上洛郡。
唐武德元年（618年）撤郡復設商州；天寶元年（742年）撤州復設上洛郡；乾元元年（758年）撤郡再設商州。
五代屬京兆府。
北宋名商州，屬永興軍路。
金、宋、元、明代仍名商州。
清雍正三年（1725年）升為直隸州。
1913年廢商州，改設商縣。
1928年屬省。
1935年屬第四行政督察區。
1949年5月屬陜甘寧邊區商雒分區。
1953年5月將洛南縣廣東坪鄉、大河面鄉、韓子坪鄉劃歸商縣。
1950年屬商雒專區。
1958年11月份劃入丹鳳縣的龍駒、庾嶺、商鎮3個鄉。
1962年5月將龍駒、庾嶺、商鎮復歸丹鳳縣。
1969年屬商洛地區。
1988年6月撤銷商縣，設立縣級商州市。
2001年8月，撤商洛地區設立地級市商洛市，原縣級商州市改為商州區。