清康熙十五年（1676年）設小水堡；清道光七年（1827年）原北鄉大村名小水；民國初期，屬進賢里設十甲六十村，其中有消水；民國三十八年（1949年）設保甲，屬進賢鄉七保消水堡；1949年至1950年，設消水鄉隸屬長武縣二區管轄；1955年6月，長武縣設相公區消水鄉；1956年2月撤區并鄉成為芋元鄉消水村；1956年冬至1957年，成立互助組后轉農業高級合作社，消水屬四聯高級農業社，其中包括消水、山坡、二坪、馮家嶺；1958年12月，四聯社撤銷成立人民公社，消水生產大隊設六個生產隊，其中山坡為一隊，二坪為二隊，消水分為三隊、四隊、五隊，馮家嶺為六隊；1961年后，設消水生產大隊，設三個生產隊，隸屬芋元人民公社管轄；1968年，文化大革命時組建消水村革命委員會；1981年，實行大包干責任制后，分為4個生產隊；1984年政社分設，健全鄉村政權，成立消水村村民委員會，隸屬芋元鄉人民政府管轄。
2009年，二坪村并入消水村。
2011年，撤鄉并鎮，歸芋元發展服務中心管轄。
2012年歸相公鎮芋元社區管轄。
2015年，馮家嶺村并入消水村，同年，撤銷芋元社區，歸相公鎮人民政府管轄。
2016年，柳溝村合并至消水村，歸相公鎮人民政府管轄至今。