民國時期，芋元村歸屬進賢鄉第七保（消水）。
新中國成立后，芋元村歸消水鄉管轄。
1953年，歸南官鄉管轄。
1956年，芋元村歸芋元管區管轄。
1958年人民公社時期，芋元村與南官村、李王村、高家樓村合為一隊，稱芋豐大隊，歸芋元人民公社管轄。
1962年四村分開，各自為隊，歸屬芋元人民公社管轄。
1968年，歸芋元人民公社革委會管轄。
1984年政社分設，成立芋元村村民委員會，歸芋元鄉人民政府管轄。
2011年，撤鄉并鎮，歸芋元發展服務中心管轄。
2012年歸相公鎮芋元社區管轄。
2015年，山坡村并入芋元村，同年，撤銷芋元社區，歸相公鎮人民政府管轄至今。