新海鎮由原新海、躍進、紅星、長征四個市屬國營農場合并而成。
新海農場原為開沙，于1948年漲成；1958年崇明縣委統戰部組織工商業者在開沙圍地興辦新海畜牧場；1959年經上海市人民委員會批準圍墾開沙，10月崇明縣成立了圍墾籌備委員會，下設開沙圍墾指揮部，12月工程動工，歷時半年建立國營崇明縣新海農場；1961年起陸續接收上海市區社會青年和知識青年；1963年7月農場改隸上海市農墾局，更名為上海市新海農場；1966年至1967年間曾稱向陽農場；1968年7月恢復為上海市新海農場。
躍進農場原是新安沙；1960年9月上海市黃浦區、吳淞區、高教局三個單位圍墾、筑江堤13千米，建造了吳淞水閘；1961年1月先后成立吳淞、黃浦、高教三個畜牧場；1963年10月三場合并建立了上海市新安沙農場；1964年秋冬又圍墾新安沙的延伸部分（躍進沙9600畝）；1966年10月更名為上海市躍進農場。
紅星農場原系蘆葦灘涂，名曰“大同沙”；1960年9月由上海市普陀區組織干部、職工圍墾，1961年4月建立普陀區畜牧場；1963年更名為洪西農場，11月與翌年4月長寧區畜牧場和新海農場三個單位所屬的一部分土地劃歸洪西農場；1966年秋改為紅星農場。
長征農場前身為合隆沙；1960年9月由上海市長寧、徐匯、盧灣三個區圍墾，1961年4月分別建立畜牧場；1963年11月合并為合隆沙農場；1966年秋改名為上海市長征農場。
21世紀初為適應國家關于政企分設和市場經濟體制改革的要求，原上海農工商（集團）總公司逐漸將下屬的國營農場進行政企分設改革試點，2004年2月原新海、躍進、紅星、長征四個農場的政務與社區管理職能進行整合歸并，組建上海市新海地區社區管理委員會。
2008年8月6日經上海市人民政府批準，由光明食品集團將新海地區社區整建制移交崇明縣屬地管理，正式建鎮，名稱使用至今。