雙堠鎮境大部分原為沂水所轄.1939年解放時，稱菜峪鄉。
1941年，將菜峪鄉分為崖子、盆泉兩個區，盆泉區歸費東縣，崖子區歸沂南縣。
1945年，費東縣撤銷建制，盆泉區劃歸沂南縣。
1956年2月，縣界調整將垛莊區和崖子區東河、營后、泉橋、梭莊四個鄉劃給蒙陰縣，同時在原崖子區的基礎上又從青駝區劃入部分村莊成立了雙堠區。
1958年秋，成立雙堠公社，同年11月，沂南縣撤銷建制，雙堠公社劃歸蒙陰縣。
1961年8月沂南縣恢復，又劃回沂南。
1963年5月，雙堠公社改稱雙堠區，同時把縣界調整時劃歸蒙陰的營后、東河、梭莊三個鄉劃回雙堠區。
1968年8月，改稱雙堠公社。
1985年9月，區劃進行再次調整，撤銷原雙堠區，建立雙堠鄉，鄉駐地在雙堠。
1997年12月，經山東省民政廳批準，撤鄉設鎮。
2000年1月，全縣區劃調整后，與原南石門鄉合并，鎮駐地仍在雙堠，并沿用至今。