鎮機關駐吳村,此地自古至今,為曲阜城北重鎮,農歷一、六為集,是本地政治、經濟、文化中心。
清至1930年間全縣為3鄉16社,此地屬吳村社。
1930年9月,全縣設5區92鄉。
全鎮境內的村分別屬第二區和第三區。
1946年,全縣為9區,此鎮為4區。
1948年全縣設10區,仍為4區。
1958年3月撤區,為吳村、峪口鄉。
1958年9月成立吳村人民公社,1986年改稱吳村鎮至今。
2020年行政村建制優化后轄20個村委會。