五井鎮(zhèn)明清兩代皆屬青州府。
1940年臨朐縣抗日民主政府在茹家莊成立，境內(nèi)設(shè)五井區(qū)，轄一鎮(zhèn)八鄉(xiāng)。
1944年12月五井區(qū)解放，境內(nèi)原嵩右區(qū)劃歸益都縣，北部大樓、楊家窩、泉水崖等6村劃歸益都方山區(qū)。
1945年嵩右區(qū)劃回臨朐縣。
1949年前后，屬臨朐縣嵩右區(qū)、第五區(qū)、五井區(qū)。
1956年，境內(nèi)屬五井區(qū)。
1958年2月撤區(qū)并鄉(xiāng)，分屬五井、嵩山兩鄉(xiāng)，同年9月設(shè)立五井人民公社。
1976年4月，由五井公社劃出朱家坡等28個(gè)大隊(duì)成立嵩山公社。
1984年社改鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）設(shè)五井鎮(zhèn)、嵩山鄉(xiāng)。
2001年2月由五井鎮(zhèn)、嵩山鄉(xiāng)合并為五井鎮(zhèn)。