春秋為魯咸丘、闞邑地。
秦置爰戚縣，屬碭郡。
西漢屬山陽郡。
東漢廢爰戚縣，置金鄉縣，其縣治在今嘉祥鎮南17公里阿城鋪，屬山陽郡。
三國魏因之。
西晉屬高平國。
南朝宋屬高平郡。
北魏徙金鄉縣離境，故地分屬任城、巨野等縣。
金皇統七年(1147)析任城、巨野兩縣地置嘉祥縣，治山口鎮(今嘉祥鎮西10公里酒莊)，因境內有魯哀公西狩獲麟處，而麟為古人傳說中吉祥之物，故名嘉祥，屬濟州。
大定十五年(1175)徙今治。
元屬濟寧路單州。
明屬兗州府濟寧州。
清雍正二年(1724)屬濟寧直隸州，八年(1730)屬曹州直隸州。
乾隆四十一年(1776)仍屬濟寧直隸州。
1913年屬岱南道(1914年更名濟寧道)。
1925年屬兗濟道。
1928年廢道直屬于省。
1936年屬國民黨山東省第一行政督察區。
1944年8月于金鄉、嘉祥、濟寧3縣鄰接地區建立金嘉濟抗日辦事處(縣級)，屬冀魯豫行政區第十一專區；同年10月撤銷金嘉濟抗日辦事處，成立嘉祥縣抗日民主政府，仍隸屬冀魯豫第十一專區。
同年9月于梁山、鄆城、汶上和嘉祥4縣結合部設立南旺縣，屬冀魯豫第八(運西)專區。
1946年1月嘉祥屬冀魯豫第七專區；同年3月該專區撤銷，嘉祥縣改屬冀魯豫第二專區；同年11月屬重新建立的冀魯豫第七專區。
1949年8月屬平原省湖西專區。
1952年11月平原省撤銷，隨湖西專區劃歸山東省。
1953年7月屬濟寧專區，與此同時，南旺縣撤銷，其行政區域一部分劃歸嘉祥縣。
1958年12月嘉祥縣撤銷，分別劃歸濟寧市和鄆城、巨野、金鄉3縣。
1961年10月以原行政區域恢復嘉祥縣建制，仍屬濟寧專區(1967年改稱濟寧地區)。
1983年8月屬濟寧市。