解放前，轄境內屬諸城縣。
1945年12月解放，屬藏馬縣泊里區。
1947年泊里區析置藏南區。
1956年藏馬縣并入膠南縣，屬泊里區。
1958年由泊里區析置橫河鄉，同年9月，與泊里、小場、貢口3個鄉合并成立泊里公社。
1961年從泊里公社分出原橫河鄉的55個村及新建的小塔山（村），組建藏南人民公社。
1984年3月，改為橫河鄉。
1987年8月，更名為藏南鄉。
1993年改為藏南鎮。
2001年2月，寨里鎮撤銷，將黃家營、六合橋、后溝、趙家溝、馬欄、七畝地6個村劃藏南鎮管理。
2005年藏南鎮轄43個行政村。
為傳承歷史文化需要和經濟社會發展，2019年10月11日，山東省政府批復，藏南鎮更名為藏馬鎮。