該村隋唐時為冤句舊地；金哀宗天興元年（1232）析東明南六鄉(xiāng)（含該村）為蘭陽縣；明清時期，屬直隸東明縣。
其四關(guān)（該村南關(guān)、西關(guān)及盛店、北關(guān)及之賈莊，東關(guān)之權(quán)莊）由河南祥符、河北長垣和河南陳留分轄；1911年屬東明第五鄉(xiāng)；1933屬東明縣六區(qū)；1948年屬東明縣第五區(qū)。
1958成立馬頭公社。
1961年成立馬頭區(qū)，1963年撤區(qū)恢復(fù)馬頭公社。
1984年設(shè)立馬頭鄉(xiāng)，1996年撤銷馬頭鄉(xiāng)設(shè)立馬頭鎮(zhèn)人民政府至今。