果洛古稱俄洛、郭羅克。
古為黨項羌地，唐置軌州(今果洛南部地區)、又置山居、奉、巖、遠等州，后屬吐蕃轄地，宋屬吐蕃政權，元屬吐蕃等路宣慰司，明屬朵甘思宣慰司，17世紀初至雍正初年屬和碩特蒙古政權，清隸成龍義道松潘漳臘營，1929年歸青海省直轄，曾置果洛行政督察區、青海省第三行政督察區，至1946年撤銷既設機構，果洛藏族諸部仍由部落頭人管理，有大小部落200余個，均由世襲的千百戶頭人分別統治。
1950年設果洛區，為青海省直屬區。
1952年6月，西北軍政委員會組建果洛工作團。
同年8月4日，工作團進駐果洛吉邁。
1954年1月1日果洛區改設果洛藏族自治區(相當于專區級)，自治區人民政府駐查郎寺。
同年12月設甘德縣；果洛藏族自治區轄1縣。
1955年7月2日，果洛藏族自治區改設果洛藏族自治州，州人民委員會駐達日縣吉邁，轄甘德、久治(駐智清松多)、班瑪(駐賽來唐)、達日(駐達日)4縣(久治、班瑪、達日3縣均為1955年新設縣)。
1957年由甘德縣部分地區設瑪多縣，駐黃河沿；由達日、甘德2縣部分地區合并設瑪沁縣，駐中心站(依蓋齊)；果洛藏族自治州轄6縣。
1958年果洛藏族自治州人民委員會駐甘德縣麥倉。
1959年自治州人民委員會遷駐瑪沁縣；將瑪多縣劃歸海南藏族自治州；原屬海南藏族自治州的同德縣劃入果洛藏族自治州；達日縣遷駐吉邁；瑪沁縣由依蓋齊遷駐大武。
1962年將同德縣劃歸海南藏族自治州，瑪多縣(駐黃河沿)由海南藏族自治州劃回果洛藏族自治州；果洛藏族自治州轄瑪沁(駐大武)、甘德(駐吾勤)、久治(駐智青松多)、班瑪(駐賽來唐)、達日(駐吉邁)、瑪多(駐黃河沿)等6縣。
1974年瑪多縣由黃河沿岸遷駐瑪查里；果洛藏族自治州轄瑪沁(駐大武)、甘德(駐吾勤)、久治(駐智清松多)、班瑪(駐賽來唐)、達日(駐吉邁)、瑪多(駐瑪查里)等6縣。
1999年，轄瑪沁、瑪多、甘德、達日、班瑪和久治6縣，51個鄉(鎮)，183個牧委會。
2001年3月5日青海省人民政府青政函[2001]14號文批復：①撤銷瑪沁縣拉加、軍功2鄉，合并設立拉加鎮；撤銷當項鄉，并入當洛鄉。
②撤銷瑪多縣清水、花石峽、黑海3鄉，合并設立花石峽鎮(鎮政府駐地設在原花石峽鄉)。
③撤銷甘德縣東吉、柯曲2鄉，合并設立柯曲鎮。
④撤銷達日縣吉邁鄉，設立吉邁鎮；德昂鄉政府駐地遷至查干溝口。
⑤撤銷班瑪縣莫壩鄉，設立并命名為賽來塘鎮(政府駐地不變)；撤銷班前鄉，并入燈塔鄉。
⑥撤銷久治縣康賽鄉，設立并命名為智青松多鎮(政府駐地不變)。
2006年8月，果洛州；新增1個鎮，鄉鎮總數由45個(7鎮38鄉)調整為44個(8鎮36鄉)。
瑪沁縣：撤銷昌麻河鄉，并入優云鄉。
瑪多縣：撤銷黑河鄉，設立瑪查里鎮(鎮政府遷駐瑪查里)，命名后沿用至今。