戰國時期屬秦國地。
秦統一后置富平縣。
西漢時置靈洲縣。
北魏時屬薄骨律鎮。
后改屬靈州。
北周屬回樂縣。
隋唐時屬靈州。
宋咸平五年（1002），改靈州為西平府，并為西夏國時的臨時首都，后又改稱靈州。
元代屬寧夏府路靈州。
明代屬陜西布省寧夏鎮下的靈州守御千戶所。
清代屬甘肅省寧夏府靈州。
清同治十一年(1872)甘肅省寧夏府寧靈廳。
1913年，改靈州為靈武縣時，今吳忠市除原金積縣所轄部分外，均屬靈武縣，隸屬寧夏道。
1929年，寧夏道建為寧夏省。
1950年2月，靈武縣析置吳忠市，旋即改置吳忠鎮（縣級），省直轄。
當年10月，復置省轄吳忠市。
1954年4月，寧夏省河東回族自治區成立，吳忠市歸其管轄。
1954年秋，寧夏省并入甘肅省，寧夏省河東回族自治區改為甘肅省河東回族自治區，次年又改為甘肅省吳忠回族自治州。
1958年，寧夏回族自治區成立，吳忠回族自治州撤銷，吳忠市直屬自治區管轄。
1960年10月，全市劃分為吳忠、紅旗、東風3個人民公社。
1963年，改置為吳忠縣。
1972年，銀南地區成立，吳忠縣歸屬其管轄。
1983年，撤銷吳忠縣，恢復吳忠市（縣級）。
1984年3月，所有公社改為鄉。
1998年5月11日，設立地級吳忠市，吳忠市新設利通區。