明朝萬歷年間，畢克齊鎮一帶形成村落。
清乾隆三十三年（1768年），村改鎮，設巡檢1員，隸歸化城廳。
民國初年，已成綏西重鎮。
民國二十八年（1939年），歸緩縣在畢克齊置信安鎮，土默特旗在畢克齊設第四自治督導處。
1950年，改名畢克齊鎮。
1958年，改畢克齊公社。
1962年，分出兵州亥、此老2公社。
1984年，畢克齊公社改畢克齊鄉。
1986年，畢克齊鄉改鎮。
2001年，撤銷青山鄉，西梁、老道溝、烏蘭板、蘇蓋營4村劃歸畢克齊鎮。
2006年，兵州亥鄉并入畢克齊鎮。