解放前，瓦窩鎮隸屬復縣管轄，縣城駐地復州城。
王家村公所，駐地王家站。
民國三十五年（1946年）2月，新金縣成立。
民國三十六年（1947年）5月，瓦窩地區劃歸新金縣四平區管轄，設11個行政村。
1956年4月，村建制取消，成立瓦窩鄉，歸新金縣蓮山區管轄。
1958年10月，撤鄉建制，屬四平公社。
1961年9月，從四平公社劃出成立瓦窩公社。
1983年9月，瓦窩人民公社管理委員會改稱瓦窩鄉人民政府。
1984年4月，瓦窩鄉改瓦窩鎮。
2013年1月8日，根據《遼寧省人民政府關于調整大連市部分行政區劃的批復》(遼政發〔2012〕169號)要求，將原隸屬于普蘭店市的瓦窩鎮劃歸至瓦房店市管轄。