瓦房店市歷史悠久，早在四五千年前的新石器時代，境內就有人類在這里生息繁衍。
戰國時期，屬燕國遼東郡。
秦朝時期，屬遼東郡。
西漢時期，置文縣，屬幽州遼東郡。
東漢時期，改為汶縣，屬魏國平州遼東郡。
兩晉、前燕、前秦、后燕時期，屬平州遼東郡。
東晉元興三年（404年），境內設得利贏城（今得利寺鎮龍潭山），屬遼東城。
唐總章元年（668年），屬安東都護府。
遼朝初期，為遷民縣，屬黃龍府，后置扶州，又改為復州。
遼景福元年（1031年），置復州懷德軍節度，轄永寧（后改永康）、德勝（今金州）2縣，屬東京道遼陽府。
金明昌四年（1193年），復州懷德軍節度使降為刺史，領永康、化成（今金州）2縣和歸勝鎮（今蓋州市歸州），屬東京路遼陽府。
元朝初期，廢復州，并入蓋州。
元至元二十一年（1284年），置金復州萬戶府，駐金州城，屬遼陽行省遼陽路。
明洪武五年（1372年），仍置復州。
明洪武十四年（1381年）9月，設復州衛，領左、右、中、前四千戶所，衛與州并存。
明洪武二十八年（1395年）4月，廢州存衛，屬遼東都指揮使司。
清順治十八年（1661年），設復州巡檢司，屬遼陽府海城縣。
清康熙三年（1664年），改屬蓋平縣。
清雍正五年（1727年），分蓋平縣設復州通判，轄金、復2州之境。
清雍正十二年（1734年），升為州，屬奉天府。
民國二年（1913年），改復州為復縣。
民國十四年（1925年）12月，縣公署由復州城遷駐瓦房店。
1949年10月1日，復縣初屬遼東省。
1954年8月1日，遼西與遼東兩省合并為遼寧省，屬遼寧省。
1956年2月8日，屬遼寧省遼陽專區。
1959年1月4日，改屬遼寧省旅大市。
1966年3月16日，改屬遼寧省遼南專區。
1968年12月26日，撤遼南專區，復屬旅大市（1981年2月改稱大連市）。
1985年1月17日，經國務院批準，撤銷復縣，建瓦房店市（縣級）。
1985年4月1日，瓦房店市正式成立，為遼寧省所轄的縣級市，由大連市代管。
2010年4月，經國務院批準，大連長興島臨港工業區升級為國家級經濟技術開發區，定名為大連長興島經濟技術開發區（以下簡稱大連長興島經濟區），實行現行國家級經濟技術開發區的政策，代管瓦房店市長興島街道、交流島街道。
2010年4月9日，大連市啟動了新市區管理體制改革，將瓦房店市炮臺鎮、復州灣鎮（后均改設為街道）劃歸普灣新區管轄。
2013年1月，經遼寧省人民政府同意根據《遼寧省人民政府關于調整大連市部分行政區劃的批復》（遼政發〔2012〕169號）要求將普蘭店市的元臺鎮、瓦窩鎮正式劃歸瓦房店市管轄。