清河門歷史悠久。
遠在新石器時期，已有人類在此繁衍生息。
清河邊門設于清康熙十五年（1676年），是清代柳邊21個邊門之一（后改為20個）。
清河邊門因臨清河而得名，清河門則是清河邊門的簡稱。
在較長的歷史時期里，清河門屬義州轄。
清光緒十一年（1885年）建制為鎮。
民國元年（1912年），屬錦州義州轄。
翌年廢州制，實行省、縣制，改屬奉天省遼沈道義縣轄。
民國十八年（1929年）5月廢道制，仍屬奉天省義縣轄。
同年末，東北易幟更奉天省為遼寧省，清河門屬遼寧省義縣轄。
民國二十一年（1932年），日本侵占東三省后，建立偽滿洲國，改遼寧省委奉天省，清河門屬奉天省義縣轄。
民國二十三年（1934年）12月，日偽實行新省制，劃東北味為14省，設錦州省，清河門屬錦州省義縣轄。
民國三十四年（1945），日本投降，祖國光復，是年9月間，中共遼西地委成立，清河門屬遼西地委義縣轄。
民國三十五年（1946年）3月，國民黨軍隊戰領清河門，清河門屬遼寧省義縣轄。
民國三十六年（1947年）11月，東北民主聯軍解放清河門。
民國三十七年（1948年）初，熱遼專區北阜義縣聯合政府在清河門建立，清河門隸屬熱河省遼專區轄，為北阜義縣第九區。
民國三十八年（1949年）5月，撤銷北阜義縣聯合政府，清河門改屬遼西省義縣轄，為第九區。
中華人民共和國成立后，清河門仍隸屬遼西省義縣轄。
1954年6月19日，遼西、遼東兩省合并為遼寧省，清河門屬遼寧省義縣轄，為義縣第九區。
1956～1958年，清河門隸屬遼寧省錦州專區義縣轄，為義縣清河門鄉、清河門鎮、清河門區。
1959年8月，清河門劃歸阜新市，并建里阜新市清河門人民公社，市年10月，隸屬阜新市郊區辦事處轄。
1980年，撤銷人民公社建制，改名為清河門鎮人民政府，仍隸屬阜新市郊區。
1983年2月21日，經遼寧省政府批準，阜新市籌建清河門區。
1983年9月20日，清河門區籌備小組正式開始對外辦公。
1984年3月31日，清河門區人民政府成立，隸屬遼寧省阜新市轄。